O menino do Pijama Listrado conta a história da guerra nazista e o massacre contra os judeus não através dos olhos de soldados e generais, mas sim através rosana dos olhos de uma criança.
Bruno (Asa Butterfield), um garoto de 8 anos não compreende o motivo de tanto ódio ao judeus. Devido a essa guerra ele é obrigado a se mudar para o campo com seu pai que é soldado e se separar de seus amigos.
O garoto entediado de ficar sozinho no campo descobre que seus vizinhos são diferentes do comum, vivem vestidos com pijamas listrados. Curioso, ele fica intrigado por a família andar no meio do dia de pijamas. Através dessa curiosidade rosana ele conhece Shmuel (Jack Scanlon) com quem faz uma grande amizade.
A casa dos dois é separa por uma enorme grade, Bruno tenta entender os acontecimentos que acontece em sua volta.